Vào tháng 3 năm 2014, anh cùng đồng đội tại CLB The Vissai Ninh Bình bị nghi ngờ tham gia đường dây cá độ 800 triệu đồng. Anh còn bị nghi ngờ là người cầm đầu trong việc bán độ ở trận gặp CLB Kelantan ở vòng loại AFC Cup.[2]

Tháng 8 năm 2014, trong phiên tòa xử vụ án bán độ, Trần Mạnh Dũng bị coi là chủ mưu và bị tuyên phạt 30 tháng tù giam[3].